Como no mostrarte lo unico que puedo hacer es un pequeño ejemplo. Usando la consola dinámica de python.
Código:
>>> import gtk
>>> w = gtk.Window() #Asi es como creas la venta
>>> w.show() #Asi es como la muestras
>>> w.destroy() #Asi la cierras
>>> w #Pero todavia existe una referencia a tu ventana
<gtk.Window object at 0x24584e0 (GtkWindow at 0x26b4010)>
>>> del w #Entonces borras esa referencia