gracias, lo había arreglado más o menos así, utilicé este setter (setBase())
Código:
cronometro.setBase(SystemClock.elapsedRealtime());
Lo que ahora necesito es hacer el resume, como con el mediaPlayer, es decir que al pulsar el botón play de nuevo al igual que continúa la reproducción en el punto donde se había pausado que el cronómetro también lo haga.
para el mediaPlayer utilicé seekTo(int), lo que no sé sí lo podré hacer con setBase o con algún otro setter.
Código HTML:
mplayer.seekTo((Integer) length);
mplayer.start();
Saludos