al final con la ayuda de
@razpeitia pude encontrar una solución más sencilla para windows xp (ntfs). especificamente usando directorios tipo
Junctions -con un programa del mismo nombre- para crear
symlink de las carpetas. por desgracia no trabaja con archivos normales. para ese caso utilice hardlink con el comando fsutil. me sirve para los dos tipos de configuración del cms sin tener que cambiar mucho, solo eliminar los symlinks que vienen ya creados.
sin embargo, usando la técnica de rewrite_engine tuve un problema que no entendí porque me sucedía. en particular, la url en el navegador me cambiaba aún si en el rewrite no indicaba el flag de redirección [R]. no se si se debe a que estaba usando un Alias a un directorio que no estaba dentro del enterno de DocumentRoot.