Duda con sumar cantidades en carrito y boton para Actualizar Todo

[GatorV]

Para tu primer duda, tendrías que primero comparar si existe ya el elemento en tu variable $_SESSION['carro'] usando isset o algo similar, si existe en lugar de reemplazar el elemento compruebas la cantidad y la sumas, en caso contrario lo agregas a tu array.

Para tu segunda duda, puedes hacerlo de dos maneras, la primera es encerrar todo tu table en una forma y así enviar todos los textboxes para procesarlos en el servidor, o de la otra manera es que vía javascript recojas todos tus inputs y hagas un submit desde javascript al servidor para procesarlo.

Saludos.