No sé cómo decirlo que no suene mal... en principio hacer SEO en dos páginas no tiene efectos secundarios, excepto si el que hace el SEO no entiende y hace algo prohibido. A veces también puede estropear la estrategia, no sé que cuál tendrán.
Si vas a cambiar de sitio las páginas (cambiar estructura, nombre, etc) debes hacer redirecciones 301.