Al cerrar el JFrame, deberia cerrarse la aplicacion y liberar la memoria junto con este.
Te aseguraste de poner:
Código Javascript
:
Ver originaljFrame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
Si no le das un comportamiento de salida, el programa nunca cerrara realmente. Se cerrara la ventana pero seguira corriendo en el fondo.