Error al trabajar con 2 Base de Datos

[Ronruby]

Hmmm ... Alguna razon en especifico por la que pusiste esas tablas en base de datos diferentes?

Ahora bien, si usas mysql_connect(), setea el 4to parametro, $new_link, a TRUE.

Código PHP:

$conn1 = mysql_connect('localhost', 'root', '', true);
$conn2 = mysql_connect('localhost', 'root', '', true);
$bbdd1 = mysql_select_db('base1', $conn1);
$bbdd2 = mysql_select_db('base2', $conn2);
 
//Consulta a la primera base de datos:
$result = mysql_query("SELECT * FROM tabla", $conn1);
//Consulta a la segunda:
$result = mysql_query("SELECT * FROM tabla", $conn2);
 

Mas informacion en el manual de PHP:
http://php.net/mysql_connect

PD: tu consulta no pertenece a este foro, MySQL, nada que ver ... tu inconveniente es con PHP.