Hola de nuevo ismapolo...
Creo que no estamos yendo a la raíz del problema... en primer lugar no recuerdo que nos hayas comentado si estás manejando Indices en tu tabla y cuales son estos indices... Te recuerdo que los índices sirven justamente para ayudar en las consultas, también sería conveniente que hicieras un EXPLAIN a tu consulta, para ver el plan de ejecución.
Segundo, los datos que puse yo son completamente inventados, PUES SIGUES SIN PONERNOS TUS DATOS. En ningún lugar habías mencionado que un día podía tener más de un dato... en cuanto a la agrupación, pues simplemente deberías de agregarla:
Y si no quieres analizar toda tu tabla AGREGA UNA CONDICIÓN WHERE DONDE SÓLO MANEJES LOS REGISTROS QUE QUIERES ANALIZAR, ya sea filtrando por rangos de fechas o por cualquier otro criterio.
Saludos
Leo.