Bueno ya lo logre , por si alguien mas lo necesita hay que modificar el archivo .htaccess y agregar
Código:
RewriteEngine on
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?DOMAINNAME.com$
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/my_folder/
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteRule ^(.*)$ /my_folder/$1
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^(www.)?DOMAINNAME.com$
RewriteRule ^(/)?$ my_folder/index.php [L]
y cambiar las variables