Hola,
Al que le interese, salió publicado un artículo en el magazine de desarrolladores de IBM, donde explica cómo hacer modificaciones sobre los módulos del core (increible pero cierto), por lo que he visto hay dos corrientes importantes, los que dicen si a tocar los módulos y los que dicen no.
Una aclaración, un módulo sólo hay que tocarlo en caso de no existir alternativas. Os dejo el enlace:
http://raincitystudios.com/blogs-and...c-of-multisite
Por lo demás por si a alguien le interesa, si aplicas un parche a un módulo contribuido, debes comparar los archivos con un diff. Viene en la documentación de Drupal.
Mi conclusión es: si sabes lo que estás haciendo, y cómo hacerlo, puedes cambiar un módulo sin problemas.