No sé que hacer ya con este código...

[CalgaryCorpus]

Sugiero que crees una estructura que sea la cabeza de la lista, que contenga la direccion de memoria del primer nodo.
Es la direccion de esta cabeza de lista la que pasas a la funcion servidora y es a esa la que lees y actualizas.
Haciendo esto, tu programa escribira correctamente al archivo, respetando el sleep que estableciste. No escribas en el main hacia el archivo.

e.g.


struct lista {
paquete_control_t * first;
} lista_pet;


en main

lista_pet.first = NULL;

inicias el thread pasando la direccion de memoria de lista_pet
y luego desreferencias a este puntero, llegando o actualizado el puntero a "first".