Yo me quedaría con el de 8 Cores, aunque sean de manos velocidad (también habría que ver las especificaciones del otro procesador.
También recuerda que servidores como Apache manejan las peticiones con varios hilos, y un procesador de más núcleos te vendrá mejor.
Bueno, realmente no soy un experto en el tema, por si alguien me corrige.
Saludos