Hola:
Antes de ser tan popular jquery, era muy popular prototype, entonces los que han apostado por esa librería han tenido el trabajo extra de aprenderse la nueva librería... y también han apostado por mootools (no sé si lo escribí bien...), u otras librerías con "buena pinta", pero al final lo que seguro que siempre funcionará es javascript (al menos en un futuro próximo).
Y lo que no se puede discutir es que con muy pocas líneas de código que funcionará con o sin cualquiera de las librerías, se puede hacer un buen efecto de transición.
Por cierto, no es que vea mal el uso de librerías, pero también tiene "contras", de las que hemos hablado en mucha ocasiones.
Saludos
