Cita:
Iniciado por Xerelo 
¿Cómo generas el jar?
Pues lo hago desde netbeans seleccionando la opcion de clean and build y luego en el directorio origen del proyecto se crea una carpeta "dist" donde esta el .jar.
Con respecto a mi duda lo que hice fue crear folder's y utilizarlos para contener los archivos que necesito en lugar de utilizar package los cuales al generar el .jar se agruparan todos dentro.