creo que es una decisión personal, y creo que hasta cierto punto se puede realizar más con flash que con jquery, pero por ejemplo, yo logré esto con jquery sin saber mucho
http://manganimemas.com/atoledemasa
si te fijas es un slide a pantalla completa que permanece ocupando toda la pantalla, sin importar la resolución.
y me encanta el jquery, además de que la web es más indexable que en flash, pues todo el contenido es html y css.