Gracias a todos los que me ayudaron, aqui dejo la solucion por si a caso
Código PHP:
Ver original//Se resive el arreglo con los valores del checkbox.
$val_chk= $_REQUEST['Area'];
//Se realiza un delete a la base de datos en la tabla `area_documento`.
$del = "delete from `area_documento` where `Cod.Doc` in('{$Codigo}')";
//Se agrega una consulta para verificar si se eliminaron los datos y si se cumple la condición ejecute el insert.
$veri = "select * from `area_documento` where `Cod.Doc`in('{$Codigo}')";
//Devuelve el numero total de filas afectadas.
//Se crea una condicion la cual va dar como resultado 0, ya que se eliminaron todos los datos segun el documento.
if($total < 1)
{
//Se crea un foreach para que este recorra el arreglo.
foreach ($val_chk as $val ){
//Se indica que realize una insercion, en la base de datos. se pasa como valores el codigo y las areas
$insert=mysql_query("insert into `area_documento`(`Cod.Doc`,`Cod.Area`) values('{$Codigo}','{$val}')", $Conexion) or
die (mysql_error());
}
}