Usa el clearTimeout
![Pensando](http://static.forosdelweb.com/fdwtheme/images/smilies/scratchchin.gif)
Te dejo un ejemplo:
Código HTML:
Ver originalfunction MensajeTiempo(){
var r = setTimeout('Mensaje()',1000);
clearTimeout(r);
}
function Mensaje(){
alert('Hola');
}
<input type="button" value="¡Enviar!" onclick="MensajeTiempo()"/>
Con esto ya no te sale el mensaje 'Hola'