Mira, por lo que estuve leyendo (si encuentro el articulo posteo el link) suelen poener una carpeta como publica, y dentro todos los archivos que seran publicos, otra llamada recursos o como se le quiera poner, que es de caracter privado..
La verdad no entiendo bien como viene la mano..
Aca esta el link:
http://www.elwebmaster.com/articulos...a-mejor-manera
Saludos!