Saludos, encontré varios ejemplos que enumeran las ventanas y los procesos que actualmente se encuentran activos, sin embargo cuando abres una carpeta la ventana toma el nombre de la carpeta que hayas abierto si utilizas el explorador de Windows. Ahora si utilizan otro tipo de file manager, sería diferente el asunto.
Lo único que se me ocurre es que habilites la opción de mostrar la ruta completa en la barra de título (opciones de carpeta) para poder cerrar la carpeta que realmente deseas monitorear.
Ejemplo de listar ventanas actualmente abiertas:
http://www.recursosvisualbasic.com.a...api/api-39.htm
Clase más completa, permite finalizar procesos:
http://www.recursosvisualbasic.com.a...de-windows.htm
Ejemplos varios:
http://www.recursosvisualbasic.com.a...l-basic/42.htm