No se si te sirva...
Cuando guardo un proyecto en PDF, yo lo hago directo de las opciones de InDesign. En Archivo/File, elijo la opción de exportarlo como PDF, con calidad de prensa (o la que sirva mejor a tu caso):
Después, en el cuadro de dialogo elijo la opción de Marcas y Sangrado, y ahí elijo qué información quiero que se agreguen a las páginas, así como el "offset" o espacio que quiero que tengan las marcas:
A veces desactivo las marcas de bleed/sangría, porque si no lo hago, me aparecen las marcas de corte Y TAMBIEN las marcas de sangrado, las cuales no se ven afectadas con el valor de "offset" que ponga.
No sé si esto es lo que buscas, pero espero que te sea de ayuda.
Suerte.