vamos despacio , en primer lugar , respecto a la distribucion de tus archivos y carpetas , seria bueno que si las distribuyas ya que eso te permitira tener un mayor control sobre los archivos y eso dependera de si el servidor te permite o no organizar todo.
en segundo lugar , no es obligacion que la pagina principal se llame index , eso depende de ti y de el servidor ya que algunos servidores si te lo piden , pero creo que eso es mas cuestion de orden.
tercero , las paginas que tu haces pueden tener el nombre que tu quieres , eso nadie te lo impide.
cuarto , si tu pagina posee frames , te aconsejo que hagas esto :
por ej. crea una pagina1 , sin frames que sea la pagina de entrada y coloca ahi los meta tags y luego has una pagina2 enh donde se encuentran los frames , esto depende de ti , creo que algunas personas colocan los tags en todas las paginas para mejores resultados.
con respecto a la quinta pregunta , pues no te entendi mucho

, talvez puedas volverlo a replantear , si en algo me e equivocado estoy seguro que alguien con mas experiencia te ayudara , sigue adelante , me gustaria que visitaras mi pagina a ver que te parece
http://lacasahalliwell.ya.st , cuidate mucho.