Sí, sí hay forma de ejecutar JavasCript en el servidor. Mira
node.js.
Pero no creo que sea lo que necesitas, lo mejor es pasar el código a PHP, realmente no creo que tenga tanto problema (a menos que sean cosas en el cliente), en cualquier caso puedes pedir ayuda para arreglar tu código en el foro de PHP.
Saludos
