No, puedes hacer muchas cosas, solo es importante que entiendas las diferencias de una URL contra un path físico en tu disco duro.
Puedes definir una constante a la raiz de tu aplicación y desde ahí cargar los archivos:
Código PHP:
Ver originaldefine('BASE_PATH', 'c:\projects\myapp');
include (BASE_PATH . '/config/config.php');
Así al migrar tu aplicación a tu hosting solo cambias el BASE_PATH y tu aplicación no tendra problemas.
Saludos.