Te dije que no va a ser fácil...
Probaste mi ejemplo en forma individual?
Se centra verdad?
Bueno, ahora tenes que ajustar tu diseño a ese esquema y no al revés, por supuesto podés modificar los anchos (siempre y cuando que no se excedan del contenedor principal) y remover esos colores de fondo, que solo está como referencia.
ovbiamente va a requeriri que rehagas el sitio completo, no se soluciona con un par de parches.
Y por favor ponele un Doctye válido a tus páginas, si no van a haber más problemas. Yo estoyusando html5 pero podes hacerlo con xhtml transitional