Como cargar checkbox con items seleccionados desde tabla segun id del cliente?

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Hola edilbertojara, la verdad es que se entiende bien poco la pregunta.
Si lo que quieres es mostrar registros de una tabla relacionada, aunque no existan en la segunda tabla, mira el manual para las expresiones LEFT JOIN, RIGHT JOIN y FULL JOIN de Mysql.
Para mostrar los checkbox marcados, al hacer la consulta, los valores seleccionados tendrán el valor 1 o algo distinto de cero, por tanto, cada vez que el valor sea !=0, el checkbox toma el valor "selected".
que les pueda quitar la selección y ponersela a otros no se entiende qué quieres hacer aquí.
Tal vez si replanteas la pregunta alguien te pueda ayudar, salu2!