Yo uso la red de blogs con subdominios y me costó un poco configurarlo (especialmente por los cambios que debía realizar desde DirectAdmin). Dejé una reseña sobre eso aquí
http://www.summarg.com/2011/crear-un...n-wordpress-3/.
Lo que también me sucedió fue que al querer repetir ese mismo proceso en un blog que ya tenía su buen tiempo funcionando, me arrojó errores de todos los colores. La única solución que encontré fue la de repetir el proceso una y otra vez hasta que salió como es debido.
En instalaciones nuevas parece ser mas fácil de aplicar...