Hola carlitro!!!
Para que las encuentre puedes añadir al claspath la ruta del directorio que contiene la carpeta com (o la primera que indica el comienzo del empaquetado)
Es decir en una estructura del tipo
C:\miProyecto\src\com\mysql ...
tendrias q añadir al classpaht C:\miProyecto\src\
Lo extraño es que esto no este encapsulado en un jar
, de todos modos te debería valer con lo que te comento.
un saludo,
kripton