CCshiva
los flash, al igual que los videos, se componen de frames, la única forma posible de hacer lo que querés es controlar los frames del flash a través de javascript. Pero me parece un poco complicado y a su vez sincronizar eso con cada página, fijate como se hace en
http://www.permadi.com/tutorial/flashjscommand/
No soy un experto en flash, pero creo que además al crearlo deberías crear algo asi como indices en los frames.
Después está el tema de pasar una variable de una página a otra.
Podrías hacer tres banners independientes, pero ahi surge el problema de "cuanto tiempo la visita va a estar en cada una de tus secciones". Como ves es bastante complejo lo que querés hacer, a menos que toda tu página sea un flash
Saludos