La altura de los divs la puedes controlar mediante css, en cuanto a la distribución de los datos, creo que necesitas aclarar mejor cuál es tu criterio para distribuir los datos.
Lo más eficiente siempre es tratar de hacer una consulta que te traiga únicamente los datos que realmente vas a ocupar, para no saltar filas, pero necesitas aclarar el punto de lo que quieres.
En cuanto a colocar los datos en divs, puedes ir concatenando resultados en dos variables y al final poner dichas variables en su div correspondiente, algo más o menos así:
Código PHP:
Ver original if($c["dato"]==$micriterio)
$div1.="datos: $c[dato1], $c[dato2] etc....";
else
$div2.="datos: $c[dato1], $c[dato2] etc....";
}
echo "<div style=\"width:50%;height:300px;\">$div1</div><div style=\"width:50%;height:300px;\">$div2</div>";