Como unir dos tablas de gran tamaño

[gnzsoloyo]

Unirlas físicamente implica, como te dice h2swinder, al menos un insert masivo contra una tabla "C", como dices, y la tabla resultado tiene que poseer la estructura de campos necesaria.
El problema es que tienes que hacer un INNER JOIN, y además asegurarte de que no existan datos repetidos entre ambas tablas en columnas que tenagan diferente nombre, e incluso que no existan clumnas con igual nombre.

Una forma directa es:

Código MySQL:

CREATE TABLE TablaC AS
SELECT *
FROM tablaA A INNER tablaB  ON a.id = B.id_a
[WHERE condiciones]
 

El problema básico es que no nos estás dando una idea clara de la cardialidad que posee esa relación entre ambas, ya que si la relación es 1:N o N:N, el resultado tendrá más que 2.000.000 de registros.

Atención: Ten en cuenta que si no existe una relación entre ambas, el resultado será un producto cartesiano...