Agrega debajo de
<VirtualHost *:80>
ServerName www.dominio.es
.....
....
</VirtualHost>
esto
Código:
<VirtualHost *:443>
ServerName www.dominio.es
ServerAlias dominio.es *.dominio.es
DirectoryIndex index.php
DocumentRoot /var/www/dominio/
ErrorLog /var/www/dominio/logs/error.log
CustomLog /var/www/dominio/logs/access.log combined
SSLEngine on
SSLCertificateFile /etc/apache2/ssl/apache.pem
<Directory "/var/www/anuncios/logs/">
Deny from All
</Directory>
</VirtualHost>
y por supuesto, reiniciar apache
luego prueba que tu
https://dominio.es funcione,
luego configura la opcion para forzar ssl en phpmyadmin y reinicia apache nuevamente.