Primero que nada tienes razon en pensar que la razon del hacking de tu site es por estar en la version w.5.3 aunque estable es muy insegura y permite cualquier tipo de inyeccion php. Personalmente te recomiento reinstalar completamente joomla y no solo actualizarlo hasta la siguiente version mas actual, esto porque las actualizaciones dejan la esencia de la version inicial por ejemplo en la version 3 se muestran polls con tablas en la version 23 actual se muestra en capas. Pero igual puedes optar por actualiza para esto puede ir a
http://www.joomlaspanish.org donde puede encontrar los paquetes de actualizacion u de idioma d