Hey, como va?
Esto me parece que no hay un standard, deberías probar cosas según a vos te gusten o te resulten más cómodas.
Te cuento un poco lo que hago yo, en base a mis proyectos laborales y un poco sumado a lo que hace Zend Framework ( el que utilizo para proyectos personales )
Suponiendo que tenemos un proyecto increible y maravilloso
llamado Spinky (nombre pensado al azar, si alguien reclama y registra spinky.com sepa que lo perseguiré con mis abogados y una jauría rabiosa con ojos inyectados en sangre) entonces dejaría asi los directorios.
Código:
/var/www/spinky.com (aquí es donde el proyecto reside )
/public_html -- Archivos accesibles por el Webserver
/static/js -- Javascript
/lib
/jquery
/jquery-ui
/etc...
/static/css -- CSS
/static/images -- Imagenes
/application -- la aplicación en sí misma
/modules -- Módulos que se aplican solo a este proyecto
/controllers -- Controladores
/models -- Modelos de Datos
/views -- Vistas
/layouts -- Diseños generales del sitio
/forms -- Objetos Formulario
/services -- Servicios internos
/config -- Configuración del sitio
/plugins -- extenciones específicas del Fwk de este proyecto
/library -- Librerias PHP utilizadas por este proyecto
/Zend -- Zend Framework
/ZFPlay -- Mis personalizaciones a Zend.
/modules -- Modulos que se aplican a varios proyectos.
/Twitter
/Facebook
/tests -- PHP Unit Testing
/doc -- Documentación completa del proyecto
/deploy -- Scripts y SQL para ciertas versiones del sitio
/{numero_version}
/scripts
/sql
/resources -- Si son necesarios links o cuestiones de diseño.
Pero de nuevo, esto es lo que me sirve a mi y a mis proyectos, por ahi para vos es demasiado aplicar todo o incluso en parte. DE nuevo, es más gusto personal.