En tu caso debes especificar en htmlentities, el tercer parametro que es UTF-8. Yo uso este (evito que añadan las etiquetas en la base de datos, ya que no me interesa que escriban etiquetas), a excepción que uso PDO en vez de mysql_*. Te recomiendo que empieces a trabajar con PDO. Verifica así mismo en internet sobre esa clase y verás mucha información. El orden de las funciones es importante.