Basta con una simple sentencia if. Por cierto lo que quieres no tiene que ver nada con recursividad, mas con validacion de datos.
Luego que recoges el numero:
numero=reader.nextInt();
Haz un condicional:
Código Javascript
:
Ver originalif(numero > 0) {
//Llamo a la funcion que descompone
} else {
//Numero no valido
}