Hola nad!!!
Tal y como te comenta Herje, la única diferencia es el proceso de instalación. Debian tiene un proceso de instalación en modo texto y tras el cual tienes instalada una distro con lo mínimo y a partir de ahi haz y deshaz a tu antojo. Mientras que con Linuxin haces una instalación en modo gráfico y sin preguntarte nada te instala las X (te autodetecta el hardware) y te deja en el escritorio del root unos cuantos asistentes para facilitarte la vida.
Finalizada la instalación funcionan exactamente igual. De hecho NO hay diferencia entre una debian con las X configuradas e instalados cuatro asistentes, y la Linuxin.
Saludetes,
kripton