Eso ya es tema de "Modelo de datos" .. (para la parte de como guardas tus datos ) ..
Estructura bien tu "base de datos" y luego tirate hacer consultas a esa .. sino, no haras mas que dar palos al agua ..
Te recomiendo que uses el foro "Base de datos" .. expliques mas detalladamente como estan distribuidos tus datos ..).
Estudia sobre "normalización" (aquí tienes un pequeño tutorial de introducción) ... Y lo demas es puro SQL .. (nada que ver en principio con PHP ..) cuando esas consultas las tengas claras ahí seguimos con PHP si hay problemas ..
http://www.mysql-hispano.org/page.php?id=16
Un saludo,