Hola perdona por el retraso en la respuesta:
la solución no fue mas que comprobar en que navegación se estaba ejecutando el script. IE tiene sus propias funciones de javascript y no entiende algunas funciones que los demas navegadores ejecutan sin problemas, cosas de Microsoft.
El código es este:
var navegador = window.navigator;
if(navegador.appName=="Microsoft Internet Explorer"){
var link = document.getElementById("id_del_objeto_ahref");
//el objeto link es de este tipo en html--> <a href="url" id="id_del_objeto_ahref">mi link</a>
link.click();
}else{
window.open(url);
}
pruebalo, yo no encontré otra solución. La solución crear un objeto <a href> y simular un click por código.
saludos