Generalmente las ultimas bases de datos vienen configuradas con utf-8 por defecto, pero no para caracteres como los que usamos, (í,ñ,á), para eso cuando creas tu base de datos, tienes que darle el formato que necesites, es decir, el tipo de cotejamiento (collate)
Aquí puedes ver la sintáxis:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.1/...-database.html
Y un par de ejemplos:
http://www.metodocomunicacion.com/blog/?p=202 http://www.forosdelweb.com/f15/acent...-mysql-171834/
Yo tenía el mismo problema, pero por algún motivo, aunque en la base de datos se me guardan carácteres extraños, como los que dicen en el primer ejemplo, al traerlos a la página web como tal, si me muestra las ñ y los acentos. No me molesta por ahora, pero tendré que solucionarlo.
Espero te sirva mi aporte
Exitos.