hola Elalux.
puedes tener todas las carpetas que desees.......
lo de subdominios se refiere a esto.
http://subdominio.dominio.com
es decir, que si tu dominio es pedro.com podras crear con ese plan que tienes un subdominio ejemplo
http://juan.pedro.com
no tiene nada que ver con tus carpetas.....
Disculpa si te entendi mal......espero que no :)