El autoplay en este caso es una de las opciones del reproductor, no del FLV, tenes que informarte de que parámetros acepta el mismo, en no todos los casos es igual, generalmente se pasan a traves de un flashvar.
por ejemplo el JWV Player de LongtailVideo utiliza en el object
<param name="flashvars" value="autostart=true&.... siguen los parámetros">
ó false para ni autoiniciar
Saludos