Problema con controles Swing

[Dnns16]

Soy nuevo en este foro, y me gustaría iniciar compartiendo un problema, que no se si sea típico o no, en fin...

Estoy desarrollando una aplicación en Java (una Calculadora científica con algunos extras) con interfaz gráfica en Java, utilizando específicamente Swing y AWT, la aplicación compila correctamente pero, al cargar los botones algunos de ellos no cargan correctamente ( a veces si lo hacen, a veces no)... y no es hasta que paso el cursor sobre ellos que aparecen, al principio pensé que el problema era el editor (estaba utilizando JCreator) pero intente con Netbeans y Eclipse y el problema persiste, supongo que el problema será que la aplicación tiene muchos botones. Ahora bien, mi pregunta es ¿Hay alguna solución para este problema?, ¿Estaré cargando bien mis botones?

Los botones están sobre Paneles (JPanel) y estos a su vez estan sobre un Contenedor general que se adapta al frame.

Como información adicional, no creo los botones utilizando la clase JButton, si no, utilizando una clase que hereda de JButton (para evitar tener que asignar propiedades a todos), no sé si tenga algo que ver

Desde ya, gracias por responder.

Saludos.

PD. dejo unas imágenes de la aplicación ejecutándose en 3 diferentes ocasiones.

[URL="http://dnns.zobyhost.com/images/Calculadora3.png"]Primera ejecución[/URL]
[URL="http://dnns.zobyhost.com/images/Calculadora2.png"]Segunda[/URL]
[URL="http://dnns.zobyhost.com/images/Calculadora.png"]Tercera[/URL]