Pues a mi me funciona de las mil maravillas. Y lo que hice fue esto
Cita: <html>
<head>
<title>Untitled</title>
<link href="miEstilo.css" rel="stylesheet" type="text/css">
<script language="JavaScript" src="miFuncion.js" type="text/javascript"></script>
</head>
<body>
<input type = "button" value = "Prueba de la alerta" onclick = "alert ('. Se trata de un diálogo personalizado de alerta que fue creado por un exceso de montar el método window.alert'); "/>
</body>
</html>
y obviamente en el archivo JS puse todo tú script y en el CSS todo el estilo y funciona perfectamente...... Si has probado así y sigue sin funcionar, ¿por que no publicas todo el código de la página para ver si hay algo que pudiera estar interfiriendo?.