Los sistemas de códigos de barras están regulados por las organizaciones que los administran. Los codigos de barras, especialmente los de productos comerciales, no los defines tu; los definen esas entidades.
En el caso de los productos comerciales lo habitual es el uso del
EAN13, para el caso de los libros y publicaciones, no, se usa el ISBN que se combina con el EAN13.
Puntualmente, para el caso de instituir el uso de códigos de barra en una tienda, lo que debes hacer es recurrir a la autoridad de aplicación impositiva de tu país, porque esas cosas están totalmente reguladas. Ellos te pueden decir qué se debe usar, y de qué modo se gestiona el acceso a las bases de datos que contienen los códigos, y cuáles son los requisitos de software y hardware para poder trabajar con ellos.
No es algo que puedas hacer o decidir por tu cuenta.