buenas,
lo más seguro debe ser que el servidor no procesa los archivos *.js. es decir, la extensión *.js no esta registrada en el servidor para que el lenguaje de servidor (aspx) analice cualquier código posible que aparezca en dichos documentos. tienes dos opciones. una es configurar el servidor registrando dicha extensión -deberás consultar el manual del servidor http para determinar como se hace. la otra opción es en lugar de tener un archivo *.js, cambiarlo a *.aspx. luego debes crear un encabezado http -header- para sobreescribir el Content-Type a text/javascript.
