Supongo que haras DriverManager.registerDriver(new com.mysql...) etc
La ruta hacia el conector mysql debes incluirla en el classpath para que tu aplicacion sea capaz de encontrarlo.
Esto lo puedes hacer bien editando el META-INF del JAR (con ant tambien puedes modificarlo para que te añada las librerias al hacer el package) o bien creando/editando la variable de entorno del sistema CLASSPATH, añadiendole la ruta. La ruta hacia el conector de mysql puede ser absoluta o relativa al directorio donde se encuentre tu jar.
Yo siempre he añadido el classpath al META-INF, pues si cambias de ordenador el jar tienes que estar preocupandote de configurarle la variable de entorno. El driver lo he puesto siempre en una carpeta dentro del directorio donde tengo el jar, en mi caso lib.
Código:
Class-Path: lib/mysql-connector-java-5.1.15-bin.jar
Eso iria dentro del META-INF y la estructura de los directorios seria la siguiente:
Código:
-Carpeta Principal
+miaplicacion.jar
+lib/
+mysql-connector-java-5.1.15-bin.jar
Un saludo!