No me acuerdo mucho, pero proba con esto.. Tenes q crear un modelo de la tabla y asignarselo a la tabla q estas usano, e ir borrando las filas desde el modelo..
DefaultTableModel aux = (DefaultTableModel) tabla.getModel();
Cita: for(int j=0;j<tabla.getRowCount();j++){
tabla.setValueAt(false, j, 0);
tabla.setValueAt("", j, 1);
tabla.setValueAt("", j, 2);
aux.setRowCount(0);
}
Saludos!