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Iniciado por pablofmorales 
Veo varias cosas mal, en como manejas esto
1- Tenes el mismo problema que codeigniter de usar un mapa de modelos ( $this->model('nombre_modelo') ), esto es bastante molesto cuando estas trabajando con un IDE y queres desde el controller acceder a un metodo de ese modelo. Por ejemplo si quiero acceder al metodo $this->model('users')->save(); y le doy F3 a save() en eclipse, o ctrl + b en netbeans, no va a abrir nada. Me va a dejar donde estoy, esto es porque no puede relacionar el metodo model(), con el archivo que contiene el modelo.
Creo que eso antes que un problema de los FW es más bien de los IDE, porque no tienen previsto ese uso, no creo que un FW este mal diseñado o implementado por el simple hecho que tu IDE no entienda el funcionamiento... el IDE sale después que el lenguaje..
Respecto al resto de puntos opino igual, nomenclatura mejorable, suerte y ánimo con el FW!
Un saludo!