Las convenciones las tienes en
Mapping Defaults.
Y de la "tabla del medio" a no ser que tenga mas campos no te tienes que preocupar, doctrine lo maneja por ti, y en el caso de tener campos, creas una entidad para la relación, el @ManyToMany pasa a ser un @OneToMany - @ManyToOne doble(uno para cada entidad del anterior @ManyToMany).
Saludos.