Como dice hkadejo, la forma más sencilla es usar archivos de configuración, aunque también en cierto que hay programas que utilizan bases de datos embedidas (se me viene a la mente un reproductor multinedia el cual no recuerdo el nombre
).
Todo depende de tantos datos necesitas guardar, en el ejemplo que te comente un reproductor almacena datos relacionados con la bliblioteca de música o videos, por lo cual es mejor tenerlo en una base de datos.
Saludos
